Добрый день!
В соответствии с частью 13 статьи 37 Закона № 44-ФЗ при проведении закупки (конкурса или аукциона) с НМЦК свыше 15 млн. руб. не предусматривается выплата аванса участнику закупки, снизившему цену контракта на 25 % и более.
Если проект контракта не содержит данную норму закона, вероятнее всего, в нем есть отсылка на ст. 37 Закона № 44-ФЗ.
Таким образом, действия Заказчика по вопросу выплаты аванса не должны противоречить ст. 37 Закона №44-ФЗ, и если НМЦК описываемой вами закупки составляла свыше 15 млн. руб., выплата аванса по такому контракту будет не правомерной.